Sin embargo, promediando el campeonato, logra recuperarse y consigue mantenerse invicto por 10 fechas y ganar el último superclásico ante River Plate. Sin embargo, con la vigencia de Juan Román Riquelme, el aporte de Marcelo Delgado y con Carlos Bianchi en el banco, el equipo ganó la Copa Libertadores después de vencer en semifinales previamente al conjunto finalista del año anterior, al Palmeiras por penales.