La temporada 2005/06 se iniciaría con un nuevo entrenador, Juande Ramos, y estaría marcada por las celebraciones asociadas al centenario del club y, en lo deportivo, por la consecución por vez primera de un título europeo al ganar la Copa de la UEFA en la final disputada en la ciudad neerlandesa de Eindhoven. Otra de las polémicas entre estos dos clubes vino en 2010 de la mano del jugador del Athletic Iker Muniain, quien a la pregunta de si el partido contra Osasuna le resultaba especial (ya que él es originario de Pamplona, ciudad del club navarro) respondió: «No sé por qué tengo que tenerle cariño a Osasuna.